La collezione strumentaria compresavi fu inventariata tra il 1983 e il 1987 e ne furono compilati cataloghi. Il Museo di Fisica, nel frattempo insediato nel sistema museale di ateneo come specifica struttura, trova oggi la sua sede in via Mezzocannone 8, nell' edificio monumentale dell'Ateneo Fridericiano. Il Museo occupa i locali dell'antico refettorio del Collegio gesuitico, oggetto di restauro nel biennio 2003-2004. Il refettorio, progettato intorno al 1680 da Dionisio Lazzari, conserva ancora le originarie decorazioni in stucco e ospita una Circoncisione del pittore senese cinquecentesco Marco Pino, dipinto commissionato dai Padri per la chiesa del Collegio.
Il museo è luogo di sperimentazione relativamente all'utilizzo didattico della strumentazione storica attraverso l'utilizzo congiunto di strumenti antichi con sistemi on line per la didattica.
